Selepas 20 tahun senyap,pada 9 Mac 2009 Mousavi mengumumkan akan bertanding dalam pilihan raya 2009. Tema kempen beliau ialah keadilan sosial, persamaan dan keadilan, kebebasan bersuara, membanteras rasuah dan menjadikan zakat sebagai asas ekonomi. Mousavi mengkritik dasar konservatif pimpinan Presiden Mahmoud Ahmadinejad. Pada 16 Mac 2009, bekas Presiden Iran Khatami menarik diri dari bertanding dan menyatakan sokongan terhadapa Mir-Hossein Mousavi.

Mousavi berhasrat mengubah Perlembagaan Iran. Larangan pemilikan persendirian stesen televisyen hendaklah dihapuskan. Dasar sekarang ialah stesen televisyen dimiliki oleh kerajaan sahaja.Wakil rakyat hendaklah meewakili rakyat.

Pilihan raya pada 12 Jun, 2009 menunjukkan Mausavi kalah kepada Ahmadinejad.Kononnya ada campur tangan daripada Menteri Dalam Negeri, Sadegh Mahsouli, sekutu Ahmadinejad.